关键点一 应税服务有扣除项目的一般纳税人应到主管税务机关进行增值税税收优惠事项备案（差额征税类），同时填写“应税服务减除项目清单”，采集合法的扣除凭证明细，否则无法填报附表三。

　　关键点二 该申报表中所称的税控专用发票包括：货物运输业专用发票，防伪税控增值税专用发票，机动车销售统一发票。不包括公路、内河货物运输业统一发票。

　　关键点三 货物运输业专用发票不再填入附表二第八行“运输费用结算单据”，而是填入税控专用发票相应栏次里。铁路、航空、管道、海洋运输费用结算单据填入附表二第八行，同时填入增值税运输发票抵扣清单中。《公路、内河货物运输业统一发票》只需填入第八行，不需填入运输发票抵扣清单中。

　　关键点四 税控专用发票和公路、内河货物运输业统一发票均有180天的认证期限，且当月认证当月必须申报抵扣，否则不予抵扣。

　　关键点五 代扣代缴税收通用缴款书，填入附表二第七行，同时应填写“代扣代缴税收通用缴款书抵扣清单”，采集合法的代扣代缴税收通用缴款书明细。同时代扣代缴税收通用缴款书在扣缴时应注意两点：一是接受境外单位或个人提供的营业税服务，代扣代缴营业税的税收通用缴款书不允许抵扣，不得填入本栏。二是接受境外单位或个人在境内提供的加工修理修配劳务，代扣代缴增值税的税收通用缴款书不允许抵扣，也不得填入本栏。